Dans le php de la sauvegarde ( /var/www/html/install/backup.php ) , certains fichiers/répertoires sont exclus:
$excludes = array(
'tmp',
'log',
'docs',
'doc',
'tests',
'support',
'backup',
'script/tunnel',
'.git',
'.log',
'core/config/common.config.php',
config::byKey('backup::path'),
);
Donc c’est normal que backup ne soit pas présent dans la sauvegarde.
Le but est de limiter la taille des sauvegardes.
Je doute que Jeedom modifie ce fonctionnement.
A vous de vous adapter en renommant backup (backups) si vous voulez sauvegarder votre fichier SQL