Oui, on parle de ceci ici Publication doc sur site Jeedom et ici Arrivée de la stable V4 (migration facile v3 à v4) - #18 par Mips
Sur mes plugins, ca fonctionne pour les repo publique pour par les autres; et ma config est pareil évidement.
Pour les branches, moi je travaille parfois dans une autre branche que je merge ensuite en beta (ou je change directement en beta) avant de faire le merge en master et ma branche beta et master sont lié à la beta et stable du market respectivement.
On pourrait avoir un débat idéologique si c’est bien ou pas, en principe tu devrais pas lier une version stable à un repo (cela doit venir de ta beta/validation plutôt) mais en restant pragmatique je trouve cela le plus pratique a condition d’avoir une bonne discipline (mais en développant tout seul sur un plugin c’est pas trop complique de se mettre d’accord)
bref, pour revenir à ta question, je te conseil quand même d’avoir deux branches différentes et de ne pas lier les 2 versions du market à la même branche sinon tu ne pourras jamais valider des changements.
Et si le lien de doc est déjà présent et incorrecte dans le market en stable, je pense que tu ne pourras régler cela toi même car le market stable ne se met à jour que si la version stable est poussée ce que tu ne pourras pas faire parce qu’il faut que ta version soit validée 
Fait appel à l’équipe pour vérifier cette hypothèse p-e? je ne sais pas qui t’a répondu