Bonsoir,
Dans ton cas un peu spécifique de cloner ton emmc sur un SSD ou un clé, une solution serait d’utiliser rpi-clone.
Avant de l’installer sur ton Atlas, demande peut être l’avis du support technique jeedom, ce qu’ils en pensent pour ne pas tout casser, on ne sait jamais…
Pour restaurer l’Atlas en cas de plantage, il existe une procédure de recovery accessible sur la doc jeedom ou ce tuto écrit par @Furaxworld. Ça ne te convient pas?