Bonjour @Asterix31,
Reprenons depuis le début (en gros tu effaces tout sauf évidemment les sauvegardes 
)
Tu installes jeedom sur le ssd via la méthode indiquée par @Mips, tu restaure ta sauvegarde, tu mets à jour (jeedom et les plugins) et le système :
Attention : Tu ne fais que la mise à jour du système via (rien d’autre):
sudo apt update;
sudo apt full-upgrade;
sudo reboot;
Tu vas ensuite dans la configuration du plugin jeeduino et là tu appliques la documentation :
"2) Installation et mise à jour du plugin
Une installation ou une mise à jour du plugin, sur un système un peu ancien, peut prendre du temps pour la mise à jour de celui-ci.
Il est fortement conseillé de mette à jour votre système linux auparavant.
Un reboot peut même être nécéssaire dans certains cas.
Il suffit de suivre les logs des dépendances pour surveiller la progression.
2.1) Installation du plugin
Après téléchargement du plugin sur votre Jeedom, il vous faut activer celui-ci. Si vous souhaitez uniquement utiliser des cartes Arduino avec shield réseau, il n’y a rien de plus a faire.
Pour les Arduinos connectées en USB sur le R.PI, les cartes PiFace, PiPlus (MCP23017) et les GPIO du R.PI, il faudra aussi installer les dépendances concernées uniquement.
2.2) Mise à jour du plugin et des sketchs
Les dépendances doivent être mises à jour pour l’utilisation des démons.
Pour l’installation des dépendances, il faut que le système soit à jour, sinon elles ne peuvent pas s’installer correctement / complètement.
Des dépendances ok sur des systèmes autre que RaspberryPI (ex: VM, PC, NUC, Freebox Delta) ne préjugent pas de leur bonne installation.
De façon générale, il est préférable de relancer l’installation des dépendances - quelles soient ok ou non - lors de la mise à jour d’un plugin ou de la restauration d’un backup Jeedom.
La mise à jour du plugin Jeedouino se fait via Jeedom.
La mise à jour de l’option JeedouinoExt se fait via le plugin Jeedouino.
Dans le cas de démons, il seront redémarrés automatiquement.
Une mise à jour peut interférer momentanément sur le fonctionnement des équipement liés.
Il est conseillé suite à celle-ci, de faire un Sauver / Générer pour chaque équipement.
Dans le cas d’Arduino/ESP/NodeMCU/Wemos, il peut être nécéssaire de les flasher avec le nouveau sketch généré (uniquement si vous souhaitez utiliser les derniers ajouts.)."
Bon courage
