Bonjour @yannickinlive26
Par « démarrage » tu veux dire quoi précisément ? start & stop d’un container existant ? ou bien suppression & création d’un container tout neuf ? Vu ta commande « docker run » c’est plutôt la 2nd option je dirais 
Dans le 1er cas, start & stop, tu n’aurais pas ce problème, ça redémarre à l’identique où tu l’a arrêté. J’ai remarqué aussi que dans ce cas, Jeedom ne voit pas le redémarrage il croit vraiment avoir démarré depuis l’origine du container, sa création, sans tenir compte des arrêts / relance.
Dans le 2e cas - à priori qui te concerne - comme dit Thibaut c’est normal. « Docker run » = tu crée une nouvelle instance à partir de la dernière image à jour, donc toutes les installations de dépendances sont à refaire. Dans ce cas, une solution est de créer un scénario déclenché au démarrage de jeedom #start# et avec ce bout de code, pour relancer les dépendances de tous tes plugins à chaque démarrage: