C’est vrai que c’est pas forcément une priorité… mais si on peut faire en sorte de respecter les standards, c’est mieux 
Pour la facilité d’installation (aujourd’hui, faut bien avouer, installer une image docker jeedom c’est le chemin de croix), aussi pour maintenir plus facilement nos scripts Dockerfile / docker-compose & co, ça sera toujours plus simple si on a suivi les « normes » de développement Docker.
Moi perso je n’utilise jeedom sous docker que pour du test / développement, et sans plugin USB pour le moment, c’est le cas d’usage optimal. Je me suis fait une image perso sans la BDD pour commencer mais j’envisage d’aller plus loin dans la séparation des containers:
- 1 container BDD
- 1 container reverse proxy (nginx ou traffic)
- 1 container jeedom sans apache avec seulement le cron donc.
- 1 container mosquito MQTT pour les plugins compatibles
C’est déjà un bon début 
Ensuite il faudra séparer les « gros » plugins ceux avec cron ou démon dans leur propre container s’ils ne peuvent pas utiliser MQTT. Les plugins non invasif, sans cron ni démon sont intégré dans le container jeedom sans problème, faut pas non plus couper les cheveux en 4.
Bref, pour moi Docker actuellement je l’utilise juste à titre de développement.