Il ne reste plus qu’à créer le fichier desktop/plugin_info/pre_install.php et y créer une fonction plugin_pre_update pour renommer(ajouter custom. au début) ou déplacer (dans data ou autre) les fichiers créés par le plugin et nécessaires au plugin. Ce qui ne fonctionne pas puisque pre_install.php n’est pas encore installé.
A part une fonction appelée dans postInstallUpdate juste avant le nettoyage, je ne vois pas comment un plugin existant et fonctionnel avec des données dans des fichiers peuvent subsister.
$plugin->callInstallFunction('pre_before_cleaning'); // Fonction *plugin*_before_cleaning à définir dans pre_install.php
La seule solution actuelle est de faire un touch sur les fichiers existants pour que le nettoyage qui suit l’installation en cours ne les détruise pas.
@Loic une autre solution ?
Edit: J’ai modifié le texte au dessus.
A moins que les devs de plugin ne soient plus les bienvenus sur Jeedom ? 
@Alexandre une réaction.
@Loic toujours pas d’idée.